У малій академії наук учнівської молоді в межах затверджених видатків на оплату праці відповідно до встановлених нормативів можуть створюватися такі відділи:
науково-технічний відділ. Об'єднує гуртки, групи, секції цільових розробок на замовлення наукових установ та промислових підприємств, електроніки та приладобудування, промислового технологічного обладнання та технологій, транспортних систем, засобів та обладнання, інформаційних та телекомунікаційних систем, сільськогосподарської техніки, обладнання та технологій тощо;
фізико-математичний відділ. Об'єднує гуртки, групи, секції математики, економіки, астрономії, фізики тощо;
хіміко-біологічний відділ. Об'єднує гуртки, групи, секції біології, психології, хімії, сільського господарства, лісового господарства, медицини, екології тощо;
відділ обчислювальної техніки і програмування. Об'єднує гуртки, групи, секції комп'ютерних навчальних програм; комп'ютерних мереж, баз та банків даних; системного програмування та заходів інформаційної безпеки; комп'ютерних програм для автоматизації наукових досліджень та розрахунків; мультимедійних систем, комп'ютерної графіки, ігрових програм тощо;
історико-географічний відділ. Об'єднує гуртки, групи, секції історії України, археології, історичного краєзнавства, етнології, географії, геології, права тощо;
відділ мистецтвознавства та філології. Об'єднує гуртки, групи, секції української літератури, зарубіжної літератури, фольклористики, української мови, мистецтвознавства, іноземних мов тощо.
У малій академії наук учнівської молоді можуть створюватись відділи організаційно-масової, інструктивно-методичної, редакційно-видавничої роботи, а також відділи за іншими напрямами діяльності.