Мала академія наук учнівської молоді може створювати філії - структурно відокремлені підрозділи, що перебувають поза межами розташування основного позашкільного навчального закладу і виконують таку саму освітню діяльність, як і основний позашкільний навчальний заклад у цілому або за окремими його напрямами.