Мала академія наук учнівської молоді Міністерства освіти і науки України здійснює координацію діяльності малої академії наук учнівської молоді Автономної Республіки Крим, обласних, Київської та Севастопольської міських малих академій наук учнівської молоді.
Мала академія наук учнівської молоді Автономної Республіки Крим, обласні, Київська та Севастопольська міські малі академії наук учнівської молоді здійснюють координацію діяльності районних, міських малих академій наук учнівської молоді.
У разі відсутності обласної, Київської та Севастопольської міських малих академій наук учнівської молоді відповідні органи управління освітою обласних, Київської та Севастопольської міських держадміністрацій визначають навчальний заклад (або іншу установу), на який покладається відповідальність за координацію діяльності районних, міських навчальних закладів з дослідницько-експериментального напряму позашкільної освіти.