Екіпаж корабля не шикується для підіймання (спуску) прапора Військово-Морських Сил Збройних Сил України: під час приготування корабля до бою та походу; під час перебування корабля у стані бойової готовності; у дні проведення на кораблі великого прибирання, авральних робіт; під час повсякденного спуску прапора Військово-Морських Сил Збройних Сил України; за несприятливих погодних умов. У цих випадках черговий корабля (вахтовий офіцер) за 2-3 хвилини до підіймання (спуску) прапора Військово-Морських Сил Збройних Сил України подає команду "Стати до борту". За цією командою особовий склад, який перебуває на верхній палубі, стає обличчям до середини корабля. У всьому іншому порядок підіймання прапора Військово-Морських Сил той самий, що й у разі підіймання прапора Військово-Морських Сил Збройних Сил України із шикуванням екіпажу.
Під час урочистого спуску прапора Військово-Морських Сил Збройних Сил України на підводних човнах і надводних кораблях 3-го і 4-го рангів екіпажі не шикуються, а за командою "Стати до борту" особовий склад, який перебуває на верхній палубі, стає обличчям до середини корабля.