Командир корабля є єдиноначальником і в мирний та воєнний час відповідає за: бойову і мобілізаційну готовність корабля; успішне виконання кораблем бойових завдань; бойову підготовку, виховання, військову дисципліну, морально-психологічний стан особового складу; організацію та здійснення заходів щодо охорони державної таємниці; оборону та захист корабля; безпеку стоянки та плавання корабля, а також управління маневрами корабля; забезпечення живучості корабля в морі, пункті базування та в ремонті; внутрішній порядок, стан і збереження корпусу корабля, озброєння, боєприпасів, бойової та іншої техніки, пального і матеріальних засобів; фінансову й господарську діяльність на кораблі; всебічне забезпечення корабля; санітарний стан корабля; дотримання діючого правового режиму на морі і правил відносин з іноземними військовими кораблями та представниками влади; підтримання чистоти акваторії в місці стоянки корабля, додержання встановлених для корабля екологічних стандартів, нормативів, лімітів; організацію на кораблі нагляду за станом довкілля, готовність особового складу та технічних засобів корабля до ліквідації наслідків забруднення, а також за організацію подання донесень, рапортів і звітності з цих питань.
Командир корабля є прямим начальником усього особового складу корабля.
Командир корабля повинен діяти самостійно і вимагати від підлеглих виконання вимог Конституції України ( 254к/96-ВР ), законів України, військових статутів Збройних Сил України ( 548-14, 549-14, 550-14, 551-14 ), цього Положення та інших нормативно-правових актів.
Присутність на кораблі старших начальників не знімає з командира корабля відповідальності за корабель і за виконання своїх обов'язків.