Флагманський спеціаліст штабу з'єднання кораблів має право давати вказівки командирам відповідних бойових частин, начальникам служб кораблів з'єднання з питань:
підготовки особового складу за своєю спеціальністю, підтримання бойової готовності зброї та технічних засобів;
організації служби бойових частин (служб);
експлуатації зброї та технічних засобів;
організації і проведення силами особового складу корабля планово-запобіжних оглядів та ремонтів;
раціонального використання запасних частин, інструментів, приладдя та витратних матеріалів.
У разі виявлення неправильних дій особового складу відповідних бойових частин (служб) кораблів з'єднання флагманський спеціаліст зобов'язаний дати вказівку про припинення роботи і вимагати від командирів бойових частин (служб) негайного усунення недоліків. Про всі свої зауваження й указівки флагманський спеціаліст зобов'язаний негайно проінформувати командира корабля.