Флагманський спеціаліст штабу з'єднання кораблів за своєю спеціальністю зобов'язаний:
брати участь у розробці планів бойової та мобілізаційної готовності, бойової підготовки, організовувати їх виконання, контролювати стан боєздатності кораблів з'єднання;
брати участь у підтриманні військової дисципліни, організації служби та внутрішнього порядку в з'єднанні кораблів, допомагати командирам кораблів у виконанні завдань бойової підготовки за спеціальністю;
вивчати, узагальнювати та впроваджувати передовий досвід бойової підготовки;
проводити виховну роботу, підтримувати військову дисципліну та морально-психологічний стан особового складу відповідних бойових частин та служб кораблів з'єднання;
контролювати стан зброї та технічних засобів, справність матеріальної частини, дотримання особовим складом кораблів з'єднання правил та інструкцій з експлуатації та правил безпеки;
контролювати стан корпусів кораблів, герметичність переділок, люків, дверей та горловин, укомплектованість і стан технічних засобів боротьби за живучість, рятувальних засобів, рятувального майна в приміщеннях кораблів, де розміщені бойові пости та командні пункти відповідних бойових частин і служб корабля;
розробляти та вносити корективи в документи з бойового застосування зброї й використання технічних засобів;
доповідати командирові з'єднання кораблів і начальникові штабу з'єднання кораблів свої пропозиції щодо найбільш повного та ефективного застосування зброї та використання технічних засобів;
стежити за точним виконанням особовим складом з'єднання кораблів вимог керівних документів;
особисто навчати за спеціальністю командирів бойових частин, начальників служб кораблів, мічманів, старшин, які проходять військову службу за контрактом; проводити збори офіцерського складу, заняття з командирами кораблів та старшими помічниками (помічниками) командирів кораблів, контролювати підготовку вахтових офіцерів;
організовувати та проводити іспити з класної кваліфікації;
розробляти нові прийоми та способи запобігання аварійним пошкодженням і боротьби з аварійними та бойовими пошкодженнями зброї та технічних засобів, ліквідації наслідків бойових та аварійних пошкоджень, організовувати раціоналізаторську та винахідницьку роботу, узагальнювати конструктивні недоліки зброї та технічних засобів, надавати пропозиції щодо їх усунення;
знати та перевіряти дії особового складу бойової частини (служби) щодо забезпечення вибухопожежозахищеності, непотоплюваності корабля та захисту особового складу;
систематично, не рідше двох разів на рік, проводити огляди зброї та технічних засобів бойової частини (служби) кожного корабля з'єднання, щорічно подавати свої пропозиції комісії з перевірки стану живучості кораблів з'єднання;
перевіряти готовність бойових частин (служб) до виходу корабля в море, наявність запасів, стан матеріальної частини, укомплектованість та підготовленість особового складу, про результати перевірки доповідати начальникові штабу з'єднання кораблів;
вивчати ділові та морально-психологічні якості особового складу своєї спеціальності і подавати свої пропозиції з питань правильного його використання й просування по службі;
організовувати і контролювати навчальну практику й стажування зі своєї спеціальності курсантів та слухачів, які прибули на кораблі з'єднання з навчальних закладів;
керувати роботами щодо оснащення та удосконалення навчальної бази;
організовувати і систематично контролювати несення служби спеціальних нарядів у бойових частинах (службах) на кораблях з'єднання;
брати участь у розробці планів ремонту кораблів, зброї та технічних засобів, контролювати хід ремонту, який проводиться державними підприємствами Міністерства оборони України та промисловості, а також надавати допомогу в організації ремонту, що здійснюється силами та засобами кораблів і берегової бази;
контролювати виконання заходів щодо охорони довкілля.
Спеціальні обов'язки флагманських спеціалістів штабу з'єднання кораблів визначаються відповідними правилами, інструкціями тощо.