Флагманський спеціаліст штабу з'єднання кораблів у мирний і воєнний час відповідає за: бойову та мобілізаційну готовність відповідних бойових частин та служб кораблів; підготовку особового складу з'єднання кораблів за своєю спеціальністю, включаючи й підготовку з боротьби за живучість зброї та технічних засобів; виховання, військову дисципліну та морально-психологічний стан особового складу бойових частин та служб кораблів з'єднання; стан матеріальної частини відповідних бойових частин, служб кораблів з'єднання, її правильну експлуатацію та ремонт; виконання заходів щодо контролю і підтримання фізичних полів кораблів у границях встановлених норм за своєю спеціальністю; забезпечення кораблів документацією за своєю спеціальністю і своєчасне внесення до неї необхідних коректувань.
Флагманські спеціалісти штабу з'єднання кораблів підпорядковуються начальникові штабу з'єднання кораблів і є начальниками відповідних спеціальних служб з'єднання кораблів.
Вони мають право давати вказівки з питань діяльності відповідних служб, організації застосування зброї і використання технічних засобів, а також з питань спеціальної підготовки, які є обов'язковими для виконання всіма категоріями особового складу.