Помічник командира з'єднання кораблів з матеріально-технічного забезпечення в мирний і воєнний час відповідає за: своєчасне й повне забезпечення кораблів з'єднання матеріальними засобами та грошовими коштами, їх зберігання й законність витрачання; підвезення кораблям з'єднання всіх видів матеріально-технічних засобів; торговельно-побутове забезпечення особового складу; організацію експлуатації, зберігання, ремонту й обліку техніки та майна встановленої номенклатури; бойову та мобілізаційну готовність, бойову підготовку, виховання, військову дисципліну і морально-психологічний стан особового складу підпорядкованих служб (команд) з'єднання кораблів; додержання правил охорони довкілля; стан обліку матеріально-технічних засобів.
Помічник командира з'єднання кораблів з матеріально-технічного забезпечення підпорядковується командирові з'єднання кораблів і є прямим начальником особового складу з'єднання кораблів з питань матеріально-технічного забезпечення.