Заступник командира з'єднання кораблів в мирний і воєнний час відповідає за: бойову і мобілізаційну готовність, успішне виконання бойових завдань кораблями з'єднання, додержання військової дисципліни та внутрішнього порядку, організацію і якість проведення заходів бойової підготовки; створення навчально-матеріальної бази та утримання її у справному стані; спортивну роботу в з'єднанні кораблів; підготовку класних спеціалістів на кораблях з'єднання; підготовку командирів кораблів до самостійного управління кораблем; організацію та якість морської підготовки особового складу кораблів з'єднання; винахідницьку і раціоналізаторську роботу в з'єднанні кораблів.
Заступник командира з'єднання кораблів підпорядковується командирові з'єднання кораблів і є прямим начальником усього особового складу з'єднання кораблів. У разі відсутності командира з'єднання кораблів виконує його обов'язки. У з'єднаннях кораблів, де посада заступника командира з'єднання кораблів не передбачена штатом, виконання цих обов'язків покладається на начальника штабу з'єднання кораблів.