Начальник штабу з'єднання кораблів зобов'язаний:
розробляти плани бойової та мобілізаційної готовності з'єднання кораблів, заходи щодо захисту, охорони та оборони кораблів, керувати мобілізаційною роботою у штабі з'єднання кораблів;
організовувати роботу штабу з'єднання кораблів, керувати діяльністю флагманських спеціалістів штабу з'єднання кораблів;
знати стан справ у штабі з'єднання кораблів та на кораблях з'єднання, а також про хід виконання завдань, поставлених перед з'єднанням кораблів;
організовувати зв'язок у з'єднанні кораблів та здійснювати контроль за виконанням особовим складом вимог прихованого керування кораблями;
перевіряти стан і бойову готовність засобів зв'язку в з'єднанні кораблів;
організовувати перевірку готовності кораблів з'єднання до виходу в море;
керувати підготовкою штабу й кораблів з'єднання до бойового чергування та здійснювати контроль за несенням бойового чергування;
керувати підготовкою та діяльністю штабних постів флагманського командного пункту;
узагальнювати передовий досвід бойової підготовки та впроваджувати його на кораблях з'єднання;
розробляти план бойової підготовки з'єднання кораблів, заходи щодо охорони державної таємниці, план перевірки кораблів, організовувати облік та здійснювати контроль за виконанням цих планів і заходів;
організовувати і контролювати несення служби оперативними черговими штабу з'єднання кораблів;
організовувати і особисто перевіряти не менше одного разу на тиждень підготовку та несення чергової й вахтової служб у штабі та на кораблях з'єднання;
організовувати взаємодію під час надання допомоги кораблям з'єднання, які отримали бойові та аварійні пошкодження;
контролювати дотримання правил рейдової служби;
організовувати своєчасне й правильне доведення до кораблів з'єднання усіх наказів командира з'єднання кораблів та старших начальників, а також перевірку їхнього виконання; особисто доводити найважливіші накази та перевіряти їх виконання;
проводити заняття з офіцерами штабу з'єднання кораблів;
знати ділові якості та морально-психологічний стан командирів кораблів, старших помічників (помічників) командирів кораблів, офіцерів, мічманів і старшин, які проходять військову службу за контрактом, штабу з'єднання кораблів;
розподіляти по кораблях з'єднання нове поповнення;
організовувати охорону секретних документів та сейфу з грошовими коштами;
установлювати й контролювати додержання встановленого порядку під час розроблення, користування, зберігання та розсилання секретних документів;
постійно мати інформацію про наявність особового складу, наявність і стан озброєння, боєприпасів та технічних засобів кораблів з'єднання, а також керувати веденням їх обліку в штабі з'єднання кораблів;
організовувати навчальну практику курсантів та стажистів, які прибувають з навчальних закладів на кораблі з'єднання;
щоденно після підняття прапора Військово-Морських Сил Збройних Сил України доповідати командирові з'єднання кораблів про стан кораблів з'єднання й наявність запасів на них;
стежити за правильним використанням ресурсів технічних засобів кораблів, витрачанням корабельних запасів та своєчасним поповненням їх відповідно до встановлених норм;
організовувати планування та виконання заходів щодо екологічного забезпечення;
організовувати ведення обліку скарг, заяв та пропозицій військовослужбовців з'єднання кораблів і членів їхніх сімей;
інструктувати перед заступанням у наряд оперативного чергового штабу з'єднання кораблів, чергового з'єднання кораблів, командира чергового підрозділу, чергового штабу з'єднання кораблів та командирів підрозділів (начальників команд), які вибувають у відрядження;
вести облік злочинів, правопорушень та надзвичайних подій, скоєних військовослужбовцями з'єднання кораблів;
своєчасно подавати до штабу вищого рівня необхідні донесення;
керувати веденням історичного журналу з'єднання кораблів.