Начальник штабу з'єднання кораблів у мирний і воєнний час відповідає за: бойову й мобілізаційну готовність, успішне виконання бойових завдань з'єднанням кораблів; організацію та забезпечення безперебійного зв'язку і безперервного управління кораблями з'єднання; підтримання призначеної готовності кораблів з'єднання; організацію та якість планування бойової підготовки; підготовку штабу з'єднання кораблів і його підрозділів, що забезпечує управління з'єднанням кораблів; виховання, військову дисципліну, морально-психологічний стан особового складу штабу та з'єднання кораблів; організацію оперативного та бойового чергування, вартової, вахтової і чергової служб; організацію взаємодії під час надання допомоги кораблям з'єднання, які отримали бойові та аварійні пошкодження; організацію та здійснення заходів щодо охорони державної таємниці, прихованого управління з'єднанням кораблів; організацію розвідки, спостереження, оборони та захисту кораблів з'єднання; забезпечення штабу та кораблів з'єднання озброєнням і військовою технікою; стан обліку особового складу, озброєння, боєприпасів, бойової та іншої техніки з'єднання кораблів; підготовку офіцерів штабу з'єднання кораблів з міжнародного морського та гуманітарного права і охорони довкілля.
Начальник штабу з'єднання кораблів є першим заступником командира з'єднання кораблів і прямим начальником усього особового складу з'єднання кораблів.
Начальник штабу з'єднання кораблів має право віддавати накази від імені командира з'єднання кораблів. Про всі віддані накази (розпорядження) начальник штабу з'єднання кораблів доповідає командирові з'єднання кораблів.