Командир з'єднання кораблів є єдиноначальником і в мирний та воєнний час особисто відповідає за: бойову та мобілізаційну готовність з'єднання кораблів; бойову підготовку, виховання, військову дисципліну та морально-психологічний стан особового складу з'єднання кораблів; успішне виконання бойових завдань з'єднанням кораблів; безпеку стоянки кораблів свого з'єднання; стан живучості кораблів з'єднання; внутрішній порядок, стан і збереження зброї, озброєння, бойової та іншої техніки, боєприпасів, палива, а також інших матеріальних засобів; організацію та здійснення заходів щодо охорони державної таємниці; всебічне матеріально-технічне, медичне, фінансове та соціально-побутове забезпечення з'єднання кораблів; удосконалення організаційно-штатної структури підпорядкованого з'єднання кораблів; виконання в з'єднанні кораблів організаційно-технічних заходів щодо охорони довкілля та готовність до ліквідації наслідків його забруднення.
Командир з'єднання кораблів повинен діяти самостійно і вимагати від підлеглих виконання вимог Конституції України ( 254к/96-ВР ), законів України, Військових статутів Збройних Сил України ( 548-14, 549-14, 550-14, 551-14 ), цього Положення, а також інших нормативно-правових актів.