Катери (шлюпки), що перебувають на ходу, несуть прапор Військово-Морських Сил Збройних Сил України. Прапор на катері (шлюпці) підіймається перед відходом від борту корабля чи пристані та опускається (незалежно від часу доби) після приходу катера (шлюпки) до місця призначення.
На катерах та шлюпках, які йдуть на веслах, прапор Військово-Морських Сил Збройних Сил України підіймається на кормовому флагштоку.
У разі буксирування декількох шлюпок прапор Військово-Морських Сил Збройних Сил України підіймається лише на кінцевій шлюпці. На шлюпках, які йдуть під вітрилами, прапор Військово-Морських Сил Збройних Сил України прикріплюється до задньої шкаторини біля нок-бензельного кута (на двощоглових шлюпках підіймається на гроті, на однощоглових - на фоку).
На корабельній шлюпці прапор Військово-Морських Сил Збройних Сил України не підіймається, якщо шлюпку відправлено для рятування людини, яка впала за борт. Прапор Військово-Морських Сил Збройних Сил України піднімається після підняття людини в шлюпку.