Командир військово-морської бази підпорядковується Головнокомандувачеві Військово-Морських Сил Збройних Сил України і є старшим морським начальником у зоні відповідальності військово-морської бази. Командирові військово-морської бази підпорядковуються командири з'єднань кораблів та командири кораблів (суден), які дислокуються у пунктах базування військово-морської бази, і, як старшому морському начальникові, - інші командири з'єднань кораблів та командири кораблів (суден), які постійно або тимчасово перебувають у зоні відповідальності військово-морської бази.