Надводні кораблі, підводні човни, кораблі спеціального призначення, морські та рейдові судна забезпечення, а також їхні катери та шлюпки несуть прапор Військово-Морських Сил Збройних Сил України, який визначає державну належність корабля. Кораблі, що будуються, від початку розміщення на них особового складу несуть Державний Прапор України, піднятий на кормовому флагштоку (на гафелі).
Прапор Військово-Морських Сил Збройних Сил України, піднятий на кораблі Військово-Морських Сил, є його Бойовим Прапором. Він символізує недоторканність і готовність корабля захищати державні інтереси України на морі.