Командир відсіку підводного човна в мирний і воєнний час відповідає за: приготування відсіку до бою, походу та до занурення підводного човна; контроль за станом відсіку в морі та пункті базування; правильне зберігання і використання засобів регенерації повітря, засобів його очищення та контролю за наявністю у повітряному середовищі відсіку шкідливих речовин (газів); організацію дій особового складу відсіку у випадку оголошення готовності і тривоги; чітку послідовність дій особового складу відсіку під час проведення огляду та перевірки зброї і технічних засобів у своєму відсіку; підтримання внутрішнього порядку; виконання особовим складом відсіку корабельних правил, правил безпеки, організаційно-технічних заходів щодо запобігання аварійним пошкодженням підводного човна; відпрацювання дій у відсіку щодо боротьби за живучість; наявність та правильність оформлення документації відсіку.
Командирами відсіків підводного човна призначаються офіцери, мічмани та старшини, які розписані по відсіках згідно з розписом з бойової тривоги. Для них розробляються додаткові обов'язки командира відсіку підводного човна.
На допомогу командирові відсіку призначається заступник командира відсіку (з числа офіцерів) чи старшина відсіку (з числа мічманів та старшин). Їх обов'язки розробляються старшим помічником командира корабля і затверджуються командиром підводного човна.
Допуск командирів відсіків, заступників командирів відсіків (старшин відсіків) до самостійного виконання обов'язків оголошується наказом командира підводного човна.
Командир відсіку безпосередньо підпорядковується старшому помічникові командира підводного човна і зобов'язаний виконувати вказівки командира електромеханічної бойової частини з питань забезпечення живучості корабля.
Особовий склад, який розписаний у відсіку, зобов'язаний виконувати розпорядження та вказівки командира цього відсіку.