Організаційне та технічне забезпечення роботи Комісії в межах компетенції здійснює самостійний структурний підрозділ МОН, відповідальний за забезпечення формування державної політики у сфері загальної середньої освіти, та державна наукова установа «Інститут освітньої аналітики».
Самостійний структурний підрозділ МОН, відповідальний за забезпечення формування державної політики у сфері загальної середньої освіти забезпечує:
проведення попереднього розгляду інформації про суб’єктів освітньої діяльності, поданої на розгляд Комісії Державною науковою установою «Інститут освітньої аналітики» щодо наявності чи відсутності даних, визначених пунктом 8 Порядку, та обставин, визначених пунктом 10 Порядку;
підготовку узагальненої інформації за кожним суб’єктом освітньої діяльності для подальшого розгляду Комісією;
підготовку за рішенням Комісії листів до суб’єктів освітньої діяльності та/або органів виконавчої влади, органів місцевого самоврядування, відповідних закордонних дипломатичних установ, Світової координаційної виховно-освітньої ради Світового конгресу Українців, інших юридичних осіб.
Державна наукова установа «Інститут освітньої аналітики» забезпечує:
супроводження ведення обліку таких суб’єктів освітньої діяльності, з питань, визначених пунктом 7 Порядку;
подання на розгляд Комісії інформації про суб’єктів освітньої діяльності, поданої з використанням автоматизованого комплексу менеджменту;
взяття за рішенням Комісії на облік та зняття з обліку суб’єктів освітньої діяльності в автоматизованому комплексі менеджменту, їх інформування в установленому порядку.