Комісію очолює голова, який має двох заступників. Голова та заступники обираються на першому засідання з членів Комісії і представляють кожну із Сторін Угоди про партнерство та співробітництво між Міністерством освіти і науки України, Міністерством оборони України та Державним концерном «Укроборонпром» у сфері розвитку новітніх технологій для забезпечення оборони та безпеки країни, підготовки фахівців для підприємств оборонної промисловості та підвищення рівня підготовки військових фахівців з експлуатації озброєння і військової техніки від 01 червня 2016 року.