Рішення Комісії оформлюється протоколом, який підписується усіма членами Комісії, присутніми на її засіданні. На підставі рішення Комісії секретар Комісії готує відповідний проект наказу Мінагрополітики України, забезпечує його погодження та подання на підпис Міністру аграрної політики та продовольства України.
Член комісії, який не згодний з її рішенням, підписує протокол з додаванням окремої думки, яка є невід'ємною частиною протоколу.