На Комісію покладаються такі завдання: розгляд матеріалів, надісланих молокопереробними підприємствами, що виготовляють продукти дитячого харчування на молочній основі, щодо включення їх до переліку молокопереробних підприємств, що закуповують у сільськогосподарських підприємств та фізичних осіб екологічно чисте молоко для виготовлення продуктів дитячого харчування на молочній основі, за яке надається бюджетна дотація.