Комісія у своїй роботі керується Законами України про державний бюджет України на відповідний рік, «Про молоко та молочні продукти», «Про дитяче харчування», «Про пестициди і агрохімікати», Порядком використання коштів, передбачених у державному бюджеті для розвитку тваринництва, затвердженим постановою Кабінету Міністрів України від 18 березня 2009 року № 282 (із змінами), Переліком спеціальних продуктів дитячого харчування власного виробництва, прибуток підприємств від реалізації яких на митній території України звільняється від оподаткування, затвердженим постановою Кабінету Міністрів України від 08 серпня 1997 року № 859 (у редакції постанови Кабінету Міністрів України від 24 жовтня 2012 року № 969), і Порядком віднесення до продукції власного виробництва спеціальних продуктів дитячого харчування, затвердженим постановою Кабінету Міністрів України від 08 серпня 1997 року № 859 (із змінами), Порядком надання статусу спеціальної зони з виробництва сировини, що використовується для виготовлення продуктів дитячого та дієтичного харчування, затвердженим постановою Кабінету Міністрів України від 03 жовтня 2007 року № 1195, постановою Кабінету Міністрів України від 06 вересня 2000 року № 1389 «Про заходи щодо забезпечення дітей повноцінними продуктами харчування і виробами дитячого асортименту, стимулювання вітчизняного виробництва та реалізації зазначених товарів» тощо.