Головним завданням Комісії є опрацювання зведених відомостей отримувачів дотацій, які надійшли від обласних комісій, і здійснення до 15 листопада з урахуванням наявних бюджетних асигнувань за відповідним напрямом пропорційного розподілу бюджетних коштів для надання дотацій в розрізі кожного отримувача, який затверджується наказом Мінагрополітики.