У своїй діяльності Комісія керується Конституцією та законами України, указами Президента України та постановами Верховної Ради України, прийнятими відповідно до Конституції та законів України, актами Кабінету Міністрів України, наказами Мінагрополітики, цим Положенням та іншими актами законодавства України.