Рішення Комісії оформлюються протоколом, який підписують усі члени Комісії, присутні на засіданні, та затверджуються наказом Мінагрополітики. Член Комісії, який не згодний з її рішенням, підписує протокол з окремою думкою, що є невід’ємною частиною протоколу.