Комплексна система захисту інформації забезпечує захист інформації в Інформаційній системі шляхом здійснення комплексу технічних, криптографічних, організаційних та інших заходів і використання засобів захисту інформації, спрямованих на недопущення блокування доступу до інформації, несанкціонованого доступу та/або її модифікації.
Обробка та захист інформації в Інформаційній системі здійснюються відповідно до вимог Законів України «Про захист інформації в інформаційно-комунікаційних системах», «Про основні засади забезпечення кібербезпеки України», «Про захист персональних даних» та інших нормативно-правових актів у сфері захисту інформації.
Про будь-яку дію щодо відомостей про об’єкти фонду захисних споруд, що містяться в Інформаційній системі, а також про користувача Інформаційної системи, який учинив відповідну дію, автоматично робиться унікальний запис у системному журналі аудиту роботи користувачів, який зберігається відповідно до положень, визначених у вимогах до комплексної системи захисту інформації.