Відділи очолюють начальники відділів, які мають по одному заступнику, окрім начальників відділів управління забезпечення дотримання інформаційної безпеки Генеральної прокуратури України; відділу нагляду за додержанням законів при здійсненні оперативно-розшукової діяльності щодо прокурорів та працівників органів прокуратури; відділу документального забезпечення. У начальника відділу запобігання правопорушенням в органах прокуратури два заступники.