Генеральну інспекцію очолює керівник, який має двох заступників, один із яких одночасно є начальником управління наглядової діяльності. Обов'язки керівника Генеральної інспекції в разі його відсутності виконує один із його заступників відповідно до наказу Генерального прокурора.