ГДА Держприкордонслужби підпорядковується Голові Державної прикордонної служби України через його заступника відповідно до розподілу функціональних обов’язків.
Координацію діяльності ГДА Держприкордонслужби з питань дотримання режиму секретності та забезпечення збереженості секретних документів здійснює режимно-секретний орган Адміністрації Державної прикордонної служби України.
Контроль та методичне забезпечення ГДА Держприкордонслужби у сфері архівної справи здійснює Державна архівна служба України в межах повноважень та в спосіб, що передбачені законодавством.