Діяльність функціональної підсистеми координується з іншими функціональними підсистемами єдиної державної системи, а саме:
1) на загальнодержавному рівні:
Державна комісія з питань техногенно-екологічної безпеки та надзвичайних ситуацій (далі - Державна комісія);
Національна рада з питань безпечної життєдіяльності населення;
Державна надзвичайна протиепізоотична комісія при Кабінеті Міністрів України;
2) на регіональному рівні:
відповідні комісії Ради міністрів Автономної Республіки Крим, обласних, Київської та Севастопольської міських державних адміністрацій з питань техногенно-екологічної безпеки та надзвичайних ситуацій і державні надзвичайні протиепізоотичні комісії (далі - регіональні комісії);
3) на місцевому рівні:
відповідні комісії районних державних адміністрацій і комісії виконавчих органів рад (сільські, селищні, міські, районні в містах) з питань техногенно-екологічної безпеки та надзвичайних ситуацій і державні надзвичайні протиепізоотичні комісії (далі - місцеві комісії);
4) на об'єктовому рівні:
комісія з питань надзвичайних ситуацій об'єкта (далі - об'єктові комісії).