Функціональна підсистема захисту сільськогосподарських тварин і рослин організовує роботи, пов'язані із запобіганням надзвичайним ситуаціям та захистом населення і територій від їх наслідків, складається з постійно діючих структурних підрозділів і має чотири рівні - загальнодержавний, регіональний, місцевий та об'єктовий.