Завданнями функціональної підсистеми є:
розроблення в межах своєї компетенції загальнодержавних нормативно-правових і галузевих нормативних актів, а також норм, правил та стандартів з питань запобігання надзвичайним ситуаціям та забезпечення захисту населення, тварин, рослин та територій від їх наслідків;
охорона території України від занесення з території інших держав або з карантинної зони збудників карантинних об'єктів;
пропуск через митний кордон України тварин, продуктів тваринного походження, готових харчових продуктів, сировини тваринного походження, кормів тваринного та рослинного походження, кормових добавок, штамів мікроорганізмів, засобів захисту тварин, засобів ветеринарної медицини, а також предметів і матеріалів, які можуть бути носіями збудників інфекційних захворювань тварин, та інших вантажів, підконтрольних службі державної ветеринарної медицини, дозволяється тільки після проходження обов'язкового ветеринарного контролю;
своєчасне виявлення, локалізація і ліквідація карантинних об'єктів, а також запобігання їх проникненню в регіони країни, де вони відсутні;
визначення порядку завезення і використання насіння, рослин і продукції рослинного походження з-за кордону, їх перевезення на території України і за її межами за узгодженням з карантинними службами тих країн, з якими Україна має договори, на підставі конвенції або угоди між державами про співробітництво;
вивчення видового складу, біології та екології карантинних й інших небезпечних шкідників, збудників хвороб і бур'янів, відсутніх на території країни, розробка прогнозу їх поширення з метою запобігання завезення, де вони можуть завдати збитків;
проведення експертиз підкарантинних матеріалів та об'єктів, видача карантинних документів на імпорт насіння, рослин та продукції рослинного походження;
здійснення контролю за додержанням законодавства про карантин рослин, у тому числі при укладанні договорів (контрактів) на завезення з-за кордону продукції рослинного походження;
унесення подання до Кабінету Міністрів України про запровадження особливого карантинного режиму;
державний контроль за проведенням карантинних заходів підприємствами, установами, організаціями та громадянами;
профілактика, діагностика та лікування інфекційних, інвазійних і незаразних хвороб тварин і рослин;
контроль за випуском для реалізації доброякісних у ветеринарному і санітарному плані продуктів та сировини тваринного і рослинного походження;
захист населення від хвороб, спільних для тварин і людей;
контроль за переміщенням, експортом та імпортом тварин, продуктів і сировини тваринного походження, ветеринарних препаратів, кормів і кормових добавок, насіння, рослин і продукції рослинного походження;
ветеринарно-санітарна експертиза продуктів і сировини тваринного походження, а на ринках також і продуктів рослинного походження, що призначаються для харчування людей, годівлі тварин і подальшої переробки;
контроль за якістю засобів захисту тварин і рослин, засобів ветеринарної медицини та кормових добавок;
бактеріологічний, радіологічний і токсикологічний контроль продуктів тваринного і рослинного походження на ринках, м'ясокомбінатах, у холодильниках та на базах заготівлі, зберігання і реалізації продуктів тощо;
проведення ветеринарно-санітарної експертизи продуктів і сировини тваринного і рослинного походження, тварин, кормів, преміксів, що призначаються для харчування людей, годівлі тварин і подальшої переробки, засобів захисту тварин у разі їх експорту та імпорту;
сприяння підготовці спеціалістів ветеринарної медицини;
контроль за додержанням юридичними та фізичними особами ветеринарно-санітарних вимог, спрямованих на захист довкілля;
сприяння впровадженню в практику досягнень ветеринарної науки, науки з питань захисту та карантину рослин і передового досвіду;
ведення обліку і видання інформації щодо поширення карантинних об'єктів;
навчання населення щодо поведінки та дій у разі виникнення надзвичайної ситуації;
пропаганда знань з карантину тварин і рослин;
проведення невідкладних робіт щодо ліквідації надзвичайних ситуацій;
забезпечення готовності структурних підрозділів, підпорядкованих їм сил і засобів до дій, спрямованих на запобігання і реагування на надзвичайні ситуації;
розроблення і реалізація цільових і науково-технічних програм, спрямованих на запобігання надзвичайним ситуаціям, забезпечення сталого функціонування підпорядкованих підприємств, установ та організацій, зменшення можливих матеріальних витрат;
збирання й аналітичне опрацювання інформації про надзвичайні ситуації, видання інформаційних матеріалів з питань захисту населення і територій від наслідків надзвичайних ситуацій (епізоотій, масових отруєнь, епіфітотій);
прогнозування й оцінка соціально-економічних наслідків надзвичайних ситуацій, визначення на основі прогнозу потреби в силах, засобах, матеріальних та фінансових ресурсах;
створення, раціональне збереження і використання на підпорядкованих підприємствах, в установах та організаціях резервів запасів матеріальних ресурсів;
проведення у межах своєї компетенції державної експертизи, забезпечення нагляду за дотриманням вимог щодо захисту тварин і рослин від надзвичайних ситуацій;
своєчасне та достовірне оповіщення населення про загрозу та виникнення надзвичайних ситуацій, фактичну обстановку і вжиті заходи;
участь у міжнародному співробітництві у сфері захисту тварин і рослин від хвороб і шкідників.