Основною метою створення функціональної підсистеми є: забезпечення реалізації державної політики в сфері запобігання і реагування на надзвичайні ситуації в галузі захисту населення від особливо небезпечних хвороб, спільних для людей та тварин, тварин і рослин від хвороб і шкідників, запобігання виникненню та розповсюдженню небезпечних інфекційних хвороб тварин і рослин, здійснення державного контролю за дотриманням особливого карантинного режиму і проведенням заходів з карантину тварин та рослин.