З метою запобігання надзвичайним ситуаціям, своєчасного і ефективного реагування організовується взаємодія постійних органів управління функціональної підсистеми і підпорядкованих їм сил з територіальною підсистемою єдиної державної системи, а саме:
визначаються центральні, регіональні, місцеві та об'єктові територіальні органи управління, які взаємодіють за надзвичайних ситуацій, склад та кількість сил і засобів реагування на надзвичайну ситуацію;
погоджується порядок спільних дій сил реагування на надзвичайну ситуацію з визначенням основних завдань, місця, часу і способів їх виконання;
розв'язуються питання всебічного забезпечення спільних заходів, що здійснюватимуться органами управління з питань надзвичайних ситуацій та підпорядкованими їм силами, у тому числі взаємного надання допомоги транспортними, інженерними, матеріальними, технічними, біологічними, медикаментозними та іншими засобами;
установлюється порядок приведення до готовності і організації управління спільними діями органів управління з питань надзвичайних ситуацій і сил у процесі виконання завдань.
Залежно від обставин, масштабу, характеру та можливого розвитку надзвичайної ситуації взаємодія організовується:
на загальнодержавному рівні - безпосередньо між постійними органами управління за надзвичайних ситуацій уповноваженими підрозділами і силами Мінагропрому України та інших центральних органів виконавчої влади під загальним керівництвом Державної комісії з питань техногенно-екологічної безпеки та надзвичайних ситуацій;
на регіональному та місцевому (районному) рівні - між територіальними і місцевими структурами управління Мінагропрому України та інших центральних органів виконавчої влади та їх силами під керівництвом регіональної або місцевої комісії.
Взаємодія у подоланні надзвичайних ситуацій організовується через спеціально визначені оперативні групи, представників відповідних центральних і місцевих органів виконавчої влади, виконавчих органів рад.