Основну частину робіт, пов'язаних з реагуванням на надзвичайну ситуацію або усуненням загрози її виникнення, виконують підрозділи підпорядкованих міністерству державних установ та організацій.
До виконання зазначених робіт повинні залучатися передусім підрозділи Мінагропрому України, відповідні структурні підрозділи Ради міністрів Автономної Республіки Крим, обласної, Київської та Севастопольської міських державних адміністрацій, виконавчих органів рад, на території яких виникла надзвичайна ситуація.
Організаційно-методичне керівництво плануванням дій єдиної державної системи здійснює МНС України.
На Мінагропром України, його уповноважені підрозділи з питань надзвичайних ситуацій покладається:
забезпечення стратегічного і оперативного планування в рамках єдиної державної системи;
збирання, оброблення і доведення до виконавців інформації з метою планування і управління діями за надзвичайної ситуації, включаючи інформацію про стан розвитку та розповсюдження хвороб тварин і рослин, шкідників, карантинних об'єктів.
Основні засади взаємодії органів управління функціональної
і територіальної підсистем єдиної державної системи та їх підрозділів