Планування роботи із запобігання надзвичайним ситуаціям і реагування на прогнозовані варіанти їх можливого розвитку здійснюється на основі відстеження змін епізоотичної ситуації, спостереження за розвитком і розповсюдженням хвороб і шкідників на посівах сільськогосподарських культур і відповідних документів, які регламентують порядок і методику цього планування.
Масштаби і наслідки можливої надзвичайної ситуації визначаються на основі експертної оцінки, прогнозу, проведених кваліфікованими експертами в галузі ветеринарної медицини, захисту та карантину рослин, і залежно від отриманих результатів розробляється план реагування на загрозу виникнення надзвичайної ситуації.
Основним завданням плану реагування на надзвичайну ситуацію або загрозу її виникнення є своєчасне виявлення, локалізація і ліквідація карантинних об'єктів, а також запобігання їх проникнення на територію України, мінімізація матеріальних втрат.
З цією метою вживаються дієві заходи щодо захисту населення від наслідків виникнення надзвичайних ситуацій, відновлення роботи об'єктів життєзабезпечення населення, проведення рятувальних та інших невідкладних робіт.
План реагування на загрозу виникнення надзвичайної ситуації із захисту та карантину тварин і рослин на підпорядкованих державних підприємствах, установах та організаціях з визначеними джерелами фінансування робіт затверджується керівниками цих підприємств, установ та організацій за погодженням уповноваженого органу з питань надзвичайних ситуацій та цивільного захисту населення місцевих органів виконавчої влади.
Обсяг і зміст цих заходів визначаються з дотриманням вимоги необхідної достатності і максимально можливого використання наявних сил і засобів.