Функціональна підсистема фінансується в межах загальних асигнувань, що передбачені в державному та місцевих бюджетах на утримання міністерства та його підрозділів, а також за рахунок позабюджетних коштів.
Для профілактики, діагностики ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій в межах функціональної системи використовуються кошти на протиепізоотичні заходи з державного бюджету. Постановою Кабінету Міністрів України від 19 листопада 1998 р. N 1836 ( 1836-98-п ) "Про внесення змін і доповнень до постанови Кабінету Міністрів України від 15 серпня 1992 р. N 478" передбачений перелік інфекційних і паразитарних захворювань тварин, заходи щодо ліквідації яких проводяться за рахунок коштів державного бюджету, республіканського бюджету Автономної Республіки Крим і місцевих бюджетів. Цією ж постановою передбачений перелік лабораторно-діагностичних досліджень у разі інфекційних та паразитарних захворювань тварин та визначення джерела їх фінансування.
Для ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій в межах функціональної підсистеми на об'єктовому рівні створюються запаси матеріальних та фінансових ресурсів за рахунок власних коштів державних підприємств, установ та організацій.