Постійними органами управління функціональної підсистеми захисту сільськогосподарських тварин і рослин є:
на загальнодержавному рівні - Міністерство агропромислового комплексу України, уповноважені підрозділи з питань надзвичайних ситуацій, які виконують керівництво згідно з затвердженими положеннями про них і відповідно до переліку функцій, визначених постановою Кабінету Міністрів України від 3 серпня 1998 р. N 1198 ( 1198-98-п ) "Про єдину державну систему запобігання і реагування на надзвичайні ситуації техногенного та природного характеру"; Державний департамент ветеринарної медицини, Центральна державна станція родючості грунтів і захисту рослин "Центрдержагрозахист", Головна державна інспекція з карантину рослин та їх уповноважені структурні підрозділи;
на регіональному рівні - Міністерство агропромислового комплексу Автономної Республіки Крим, управління агропромислового комплексу облдержадміністрацій, управління державної ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим, областей та міст Києва і Севастополя, станції захисту рослин АР Крим та областей;
на місцевому рівні - управління агропромислового комплексу райдержадміністрацій, міські і районні управління державної ветеринарної медицини, міжрайонні та прикордонні пункти з карантину рослин, районні станції захисту рослин;
на об'єктовому рівні - дільничні лікарні ветеринарної медицини, бригади (ланки) захисту рослин колективних сільськогосподарських підприємств, структурні підрозділи підприємств, установ та організацій або спеціально призначені особи з питань надзвичайних ситуацій.
До системи повсякденного управління функціональною підсистемою входять оснащені належними засобами зв'язку, оповіщення, збирання, аналізу й передачі інформації:
оперативно-чергові служби міністерства агропромислового комплексу, уповноважених підрозділів з питань надзвичайних ситуацій на всіх рівнях;
диспетчерські служби підприємств, установ та організацій.
Сили і засоби функціональної підсистеми