Органами управління функціональної підсистеми є:
на державному рівні - Держпродспоживслужба та підрозділ з питань цивільного захисту у складі її апарату;
на регіональному рівні - територіальні органи Держпродспоживслужби;
на об’єктовому рівні - керівники підприємств, установ та організацій, що належать до сфери управління Держпродспоживслужби, а також підрозділи (посадові особи) з питань цивільного захисту.