Завданнями функціональної підсистеми є:
1) здійснення заходів цивільного захисту щодо захисту сільськогосподарських рослин і тварин;
2) забезпечення готовності підпорядкованих сил і засобів до дій, спрямованих на запобігання виникненню та реагування на надзвичайні ситуації, що становлять загрозу сільськогосподарським рослинам і тваринам, здійснення заходів щодо запобігання виникненню таких ситуацій або небезпечних подій;
3) організація та проведення моніторингу і прогнозування виникнення надзвичайних ситуацій та їх розвитку, визначення ризиків виникнення надзвичайних ситуацій, що становлять загрозу сільськогосподарським рослинам і тваринам;
4) своєчасне і достовірне інформування заінтересованих органів виконавчої влади та населення про загрозу виникнення або виникнення надзвичайних ситуацій на об’єктах функціональної підсистеми;
5) проведення рятувальних та інших невідкладних робіт з ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій, що спричинили загрозу сільськогосподарським рослинам і тваринам;
6) забезпечення планування заходів цивільного захисту щодо захисту сільськогосподарських рослин і тварин;
7) організація та проведення навчань (тренувань) з підготовки органів управління функціональної підсистеми та підпорядкованих їм сил цивільного захисту, які проводяться згідно з планами основних заходів цивільного захисту Держпродспоживслужби та функціональної підсистеми на відповідний рік;
8) розроблення та здійснення заходів, спрямованих на забезпечення сталого функціонування Держпродспоживслужби, її територіальних органів, підприємств, установ та організацій, що належать до сфери її управління в особливий період;
9) навчання населення щодо поведінки та дій у разі виникнення надзвичайних ситуацій, що становлять загрозу сільськогосподарським рослинам і тваринам;
10) здійснення заходів щодо укриття працівників Держпродспоживслужби, її територіальних органів і підприємств, установ та організацій, що належать до сфери її управління, у захисних спорудах цивільного захисту;
11) участь у розробленні та забезпечення виконання галузевих програм і планів з питань цивільного захисту;
12) створення, раціональне збереження і використання резерву матеріальних ресурсів, необхідних для запобігання виникненню і реагування на надзвичайні ситуації, що становлять загрозу сільськогосподарським рослинам і тваринам;
13) координація дій спеціалізованих служб із захисту сільськогосподарських тварин і рослин стосовно:
здійснення агрохімічного обстеження, ветеринарної діагностики, лікування тварин, що заражені (уражені), знезараження посівів, пасовищ і продукції тваринництва та рослинництва;
моніторингу стану забруднення радіоактивними та небезпечними хімічними речовинами, біологічними засобами сільськогосподарських угідь, продукції рослинництва, поверхневих вод, призначених для сільськогосподарських потреб;
проведення спеціальної розвідки в місцях виникнення (загрози виникнення) надзвичайних ситуацій, шляхів руху сил цивільного захисту та маршрутів евакуації;
проведення роботи з ліквідації епізоотій та епіфітотій, здійснення епізоотичного, фітосанітарного і токсикологічного контролю під час проведення робіт з ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій;
здійснення відповідно до компетенції контролю за безпечністю харчових продуктів і кормів під час виникнення надзвичайних ситуацій, участі у здійсненні заходів щодо забезпечення безпечності харчових продуктів та сировини рослинного та тваринного походження для їх виготовлення;
участі у здійсненні заходів щодо спеціальної обробки територій, приміщень, сільськогосподарських рослин і тварин, продукції тваринництва та рослинництва;
участі в підготовці сільськогосподарської та спеціальної техніки для роботи на зараженій місцевості, спеціальної обробки рослин і тварин, що заражені (уражені), знезараженні території, приміщень, де зберігається продукція тваринництва та рослинництва;
здійснення ветеринарно-санітарних та фітосанітарних заходів;
участі у здійсненні заходів щодо захисту джерел і систем водопостачання для тварин від впливу небезпечних факторів ураження;
організації заходів із знищення зерна, продовольства, харчової сировини, фуражу та інших матеріальних засобів, що не підлягають знезараженню;
забезпечення створення резерву спеціального майна і засобів для захисту свійських тварин та сільськогосподарських рослин у разі виникнення надзвичайних ситуацій;
участі в сільськогосподарському виробництві на забруднених територіях, здійсненні контролю за безпечністю такого виробництва;
участі у зборі, утилізації або знищенні загиблих тварин і відходів тваринного походження;
14) виконання інших завдань щодо забезпечення захисту сільськогосподарських рослин і тварин, визначених законодавством.