Управління функціональною підсистемою зони відчуження здійснюють:
1) на державному рівні — Державне агентство України з управління зоною відчуження, структурний підрозділ з питань цивільного захисту;
2) на об’єктовому рівні — керівники суб’єктів господарювання, їх структурні підрозділи (посадові особи) з питань цивільного захисту.