Метою створення функціональної підсистеми зони відчуження є захист населення, працівників і об’єктів функціональної підсистеми зони відчуження від надзвичайних ситуацій у мирний час та в особливий період, здійснення заходів цивільного захисту відповідного галузевого спрямування, зменшення матеріальних втрат у разі їх виникнення на об’єктах функціональної підсистеми зони відчуження, забезпечення готовності підпорядкованих їм сил і засобів до дій, спрямованих на запобігання і реагування на надзвичайні ситуації.