Для забезпечення управління, координації дій органів управління та підпорядкованих їм сил цивільного захисту, здійснення цілодобового чергування і забезпечення збору, оброблення, узагальнення та аналізу інформації про обстановку функціонують:
на державному рівні — оперативно-чергові (чергові, диспетчерські) служби Держводагентства (у разі їх утворення);
на регіональному рівні — оперативно-чергові (чергові, диспетчерські) служби територіальних органів Держводагентства (у разі їх утворення);
на об’єктовому рівні — чергові (диспетчерські) служби підприємств, установ та організацій, які належать до сфери управління Держводагентства (у разі їх утворення).
Для забезпечення сталого управління у сфері розвитку водного господарства, управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів, передбачених на особливий період, Держводагентством використовується державна система пунктів управління.