Управління функціональною підсистемою протипаводкових заходів здійснюють:
на державному рівні — Держводагентство, його структурний підрозділ з питань цивільного захисту;
на регіональному рівні — територіальні органи Держводагентства, яке створює функціональну підсистему;
на об’єктовому рівні — керівники підприємств, установ та організацій, які належать до сфери управління Держводагентства, їх структурні підрозділи (посадові особи) з питань цивільного захисту.