Завданнями функціональної підсистеми є:
1) здійснення заходів цивільного захисту у сфері розвитку водного господарства, управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів;
2) забезпечення готовності підпорядкованих сил і засобів до дій, спрямованих на запобігання виникненню та реагування на надзвичайні ситуації на об’єктах функціональної підсистеми, здійснення заходів щодо запобігання виникненню надзвичайних ситуацій або небезпечних подій на об’єктах функціональної підсистеми;
3) організація та проведення моніторингу і прогнозування виникнення надзвичайних ситуацій та їх розвитку на об’єктах функціональної підсистеми, визначення ризиків виникнення надзвичайних ситуацій у сфері розвитку водного господарства, управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів;
4) своєчасне і достовірне інформування заінтересованих органів виконавчої влади та населення про загрозу виникнення або виникнення надзвичайних ситуацій на об’єктах функціональної підсистеми;
5) проведення рятувальних та інших невідкладних робіт з ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій;
6) забезпечення планування заходів цивільного захисту;
7) організація та проведення навчань (тренувань) з підготовки органів управління функціональної підсистеми та підпорядкованих їм сил цивільного захисту;
8) розроблення та здійснення заходів, спрямованих на забезпечення сталого функціонування національної економіки в особливий період, зокрема об’єктів функціональної підсистеми;
9) навчання населення щодо поведінки та дій у разі виникнення надзвичайної ситуації на об’єктах функціональної підсистеми;
10) здійснення заходів щодо укриття працівників Держводагентства, його територіальних органів, підприємств, установ та організацій, які належать до сфери управління Держводагентства, у захисних спорудах цивільного захисту;
11) розроблення та забезпечення виконання галузевих програм і планів з питань цивільного захисту;
12) створення, раціональне збереження і використання резерву матеріальних ресурсів, необхідних для запобігання і реагування на надзвичайні ситуації;
13) забезпечення підготовки керівного складу об’єктів функціональної підсистеми до дій у разі мобілізації та виконання завдань цивільного захисту у воєнний час з урахуванням норм міжнародного гуманітарного права у відповідних закладах освіти ДСНС;
14) інші завдання, визначені законодавством.