Метою створення функціональної підсистеми є захист населення і об’єктів функціональної підсистеми від надзвичайних ситуацій у мирний час та в особливий період, здійснення заходів цивільного захисту у сфері розвитку водного господарства, управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів, зменшення матеріальних втрат у разі їх виникнення на об’єктах функціональної підсистеми, забезпечення готовності її сил і засобів до дій, спрямованих на запобігання і реагування на надзвичайні ситуації.