Основними завданнями, що виконуються функціональною підсистемою у відповідних режимах функціонування, є:
1) у режимі повсякденного функціонування:
підтримання готовності до негайного використання людських та матеріально-технічних ресурсів для зменшення збитків у разі виникнення надзвичайних ситуацій на об’єктах функціональної підсистеми;
розроблення і виконання цільових та науково-технічних програм запобігання виникненню надзвичайних ситуацій на об’єктах функціональної підсистеми і зменшення можливих збитків;
здійснення планових заходів щодо запобігання виникненню надзвичайних ситуацій на об’єктах функціональної підсистеми, забезпечення безпеки та захисту населення і територій від таких ситуацій, а також заходів щодо підготовки до дій за призначенням органів управління та сил цивільного захисту функціональної підсистеми;
забезпечення готовності органів управління та сил цивільного захисту функціональної підсистеми до дій за призначенням;
організація підготовки фахівців цивільного захисту, підготовка керівного складу та фахівців, діяльність яких пов’язана з організацією і здійсненням заходів щодо цивільного захисту, навчання населення діям у разі виникнення надзвичайних ситуацій на об’єктах функціональної підсистеми;
підтримання в готовності систем оповіщення про загрозу або виникнення надзвичайних ситуацій на об’єктах функціональної підсистеми;
здійснення інших заходів відповідно до функціонального призначення підсистеми;
2) у режимі підвищеної готовності:
здійснення оповіщення органів управління та сил цивільного захисту функціональної підсистеми, а також працівників об’єктів функціональної підсистеми про загрозу виникнення надзвичайної ситуації та інформування їх про дії у можливій зоні надзвичайної ситуації;
формування оперативних груп для виявлення причин погіршення обстановки та підготовки пропозицій щодо її нормалізації;
уточнення (у разі потреби) планів реагування на надзвичайні ситуації Держводагентства, підприємств, установ та організацій, які належать до сфери його управління, з чисельністю працюючого персоналу понад 50 осіб, та здійснення заходів щодо запобігання їх виникненню;
уточнення та здійснення заходів щодо захисту населення і територій, працівників об’єктів функціональної підсистеми від можливих надзвичайних ситуацій на них;
приведення в готовність наявних сил і засобів цивільного захисту, залучення в разі потреби додаткових сил і засобів;
цілодобове чергування (за потреби) членів оперативних груп;
посилення спостереження та контролю за ситуацією на територіях відповідно до функціонального призначення підсистеми;
здійснення інших заходів відповідно до функціонального призначення підсистеми;
3) у режимі надзвичайної ситуації:
здійснення оповіщення органів управління та сил цивільного захисту функціональної підсистеми, а також населення про виникнення надзвичайної ситуації на об’єктах функціональної підсистеми та інформування його про дії в умовах такої ситуації;
введення в дію відповідних планів реагування на надзвичайні ситуації Держводагентства, підприємств, установ та організацій, які належать до сфери його управління, з чисельністю працюючого персоналу понад 50 осіб;
призначення керівника робіт з ліквідації наслідків надзвичайної ситуації;
визначення меж зони надзвичайної ситуації;
здійснення постійного прогнозування зони можливого поширення надзвичайної ситуації та масштабів можливих наслідків;
організація та проведення робіт з локалізації і ліквідації наслідків надзвичайної ситуації, залучення для цього необхідних сил і засобів функціональної підсистеми;
організація та здійснення (у разі потреби) евакуаційних заходів працівників об’єктів функціональної підсистеми, матеріальних та культурних цінностей;
організація та здійснення радіаційного, хімічного, біологічного, інженерного та медичного захисту працівників об’єктів функціональної підсистеми від наслідків надзвичайної ситуації;
здійснення безперервного контролю за розвитком надзвичайної ситуації та обстановкою на об’єктах функціональної підсистеми і прилеглих до них територіях;
інформування органів управління цивільного захисту та населення про розвиток надзвичайної ситуації на об’єктах функціональної підсистеми та заходи, що здійснюються для ліквідації її наслідків;
здійснення інших заходів відповідно до функціонального призначення підсистеми.