Режими функціонування функціональної підсистеми встановлюються відповідно до статей 11–15 Кодексу цивільного захисту України, заходи з їх реалізації визначаються відповідно до Положення про єдину державну систему цивільного захисту, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 09 січня 2014 року № 11.
Режим підвищеної готовності та режим надзвичайної ситуації для функціональної підсистеми встановлюється:
за рішенням Кабінету Міністрів України — для єдиної державної системи цивільного захисту в повному обсязі або частково для кількох окремих її функціональних підсистем;
за рішенням Держводагентства — для функціональної підсистеми протипаводкових заходів.