Для забезпечення управління, координації дій органів управління та підпорядкованих їм сил цивільного захисту, здійснення цілодобового чергування і забезпечення збору, оброблення, узагальнення та аналізу інформації щодо становища на об’єктах функціонують:
на державному рівні - оперативно-чергові (чергові, диспетчерські) служби Держводагентства, кризовий центр Держводагентства;
на регіональному рівні - оперативно-чергові (чергові, диспетчерські) служби басейнових управлінь водних ресурсів, обласних управлінь водних ресурсів, управлінь каналів (у разі їх утворення);
на об’єктовому рівні - чергові (диспетчерські) служби регіональних управлінь водних ресурсів, міжрайонних управлінь водного господарства, управлінь водного господарства (у разі їх утворення).
Схема функціональної підсистеми протипаводкового захисту Державного агентства водних ресурсів України наводиться у додатку 1 до цього Положення.
Для забезпечення сталого управління у сфері діяльності Держводагентства та реалізації функцій, передбачених на особливий період, Мінприроди та Держводагентством використовується державна система пунктів управління.