Управління функціональною підсистемою протипаводкових заходів здійснюють:
на державному рівні - Мінприроди через Держводагентство, управління експлуатації водогосподарських систем, енергозбереження та механізації;
на регіональному рівні - басейнові управління водних ресурсів, обласні управління водних ресурсів, управління каналів;
на об’єктовому рівні - регіональні управління водних ресурсів, міжрайонні управління водного господарства, управління водного господарства.